O Shiatsu é recomendado contra problemas de coluna, estresse, insônia, problemas de deficiência funcional de órgãos, como problemas de rim, problemas com evacuação e até mesmo uma simples queimação de estômago, problemas psicossomáticos como depressão, baixa auto-estima, e um infinidade de outras coisas.

O Shiatsu não é recomendado para infecções, doenças contagiosas, fraturas, varizes ou como terapêutica única do câncer, podendo, contudo, atuar como coadjuvante no tratamento deste. Deve ser usado criteriosamente nos primeiros três meses da gestação, uma vez que há pontos de pressão (tsubôs) contra-indicados para a gestante.